应用灸法时的配方可以根据疾病情况、个体素质和脏腑功能的偏盛偏衰来进行选择和搭配。下面举例一些常用的配方：
1. 补中益气艾灸养生方
【施灸方穴】百会、中脘、气海、足三里、三阴交、太渊。
【方穴功用】益气行血、通经活络、补中益气、升阳举陷、健脾和胃、温中散寒、脾肾双补、化水利湿、调和营卫。
【方穴主治】适用于亚健康调理和治疗气虚血瘀型中风、胃脘痛、腹胀、腹泻、气短、乏力、腰腿无力、浮肿等症状。
2. 五脏俱补艾灸养生方
【施灸方穴】肺俞、心俞、膈俞、肝俞、脾俞、肾俞。
【方穴功用】补五脏、调气血、安神定志、通经活络。
【方穴主治】可用于强身健体、预防亚健康和体质衰弱。还可治疗心悸气短、腰酸乏力、中风后遗症和各种虚劳损伤问题。
3. 独灸关元养生方
【施灸方穴】关元。
【方穴功用】补元益气、温肾健脾、补肾固脱、回阳救逆、温中散寒、理气止痛、补肾纳气、温阳利水、补血调经、温暖下元、补虚泻实、延年保健。
【方穴主治】适用于泌尿生殖系统疾病（如阳痿早泄、梦遗滑精、遗尿癃闭、小便频数等），妇科常见病（如月经不调、闭经、痛经、带下病、产后出血等），胃肠系统疾病（如腹胀、腹痛、腹泻、便秘等）以及中风和其他虚劳损伤问题。关元与三阴交艾灸可以女性使用，而足三里艾灸适用于男性。
关元与足三里一样重要，可以促进唾液分泌。古人有“春灸气海，秋灸关元，口生津液”的说法。若出现伤寒后、中年人长期咳嗽不止等虚劳问题，可灸关元三百壮。对于中年以上的人，腰腿关节疼痛可能是肾气虚弱，风邪侵袭的症状，可以灸关元三百壮。老人气喘也可能是肾虚、气不归海的问题，这时可灸关元二百壮。《类经图翼》记载：“关元主诸虚百损……但是寒冷积聚导致的虚损，都适宜进行灸治疗，灸量多则可达一千余壮，少则不少于二三百壮。常接受灸治疗可以提高活力，但频繁灸治时还要结合灸三阴交，因此有句谚语说：要想使丹田安定，一定要灸治三里。”宋代窦材还说：“真气虚弱则人体生病，真气脱失则人体亡故。灸治艾灸是保持生命的第一法宝，其次是服用药物，再次是使用附子。到了三十岁，每三年进行一次脐下灸治，三百壮的程度足够；五十岁时，每两年进行一次脐下灸治，五百壮已足够；六十岁时，每年进行一次脐下灸治，三百壮已足够。这样可以使人长寿不老。余生五十岁以上时，可以每年灸治关元五百壮……从而达到老年健康。”由此可见关元不仅可以治疗各种虚损症状，还可以保健延年。
4. 呼吸系统艾灸养生方：风门、身柱、肺俞、足三里。
5. 心血管系统艾灸养生方：
高血压：风门、曲池、足三里、阳陵泉。
冠心病：身柱、郄门、三阴交，也可以灸膻中穴。
6. 消化系统艾灸养生方：脾俞、胃俞、中脘、足三里、阳陵泉。
7. 神经系统艾灸养生方：大椎、身柱、肾俞、足三里。
8. 泌尿生殖系统艾灸养生方：肾俞、关元、三阴交、足三里。
9. 一般强壮艾灸养生方：
这是一种通用的健身灸法。可以选择足三里、中脘、关元进行灸治，也可以单独对足三里进行灸治，都能够起到良好的健身效果。进行健身灸治时，一次灸治多不超过30分钟，既不会太痛苦，又具有经济节约的特点。长期坚持灸治可以提高身体素质，促进健康，其效果绝对不亚于服用药物，因此是值得大力推广的保健方法。